Una nueva herramienta en línea que permite predecir el impacto de las mutaciones del SARS-CoV-2, así como ver en tres dimensiones los movimientos de las proteínas del virus que provoca la covid-19, ha sido desarrollada por varios científicos de diferentes países.
Jana Selent, la investigadora del Instituto Hospital del Mar de Investigaciones Médicas (IMIM)-Hospital del Mar de Barcelona (este de España), nos dice que esta nueva herramienta, que es una base de datos, a la cual se le ha llamado SCov2-MD, "puede ayudar a los investigadores a entender el funcionamiento del virus y desarrollar nuevos tratamientos y vacunas".
Esta nueva base de datos, se encuentra impulsada por el grupo de descubrimiento de fármacos del IMIM. Con ellos colaboran, el Biophysics Institute (CNR-IBF) del National Research Council de Italia, Paul Scherrer Institute de Suiza y Dompé Farmaceuticio de Italia.
Con esta investigación se podrá conocer con un alto grado de detalle, la estructura y funcionamiento del virus. Igualmente, se podrá predecir la evolución de las diferentes mutaciones que ha tenido y tendrá el virus en mención.
Esta herramienta está disponible en línea para todos los investigadores en la web www.scov2-md.org. Los impulsores de esta investigación nos mencionan que grandes cantidades de gigabits de datos se han empleado para llevarla a cabo. Asimismo, han asegurado que es la única base de datos creada hasta ahora que combina estas simulaciones.
Al respecto, son 29 proteínas que forman parte de este virus: cuatro estructurales, dieciséis no-estructurales y nueve de accesorias. Las proteínas son moléculas básicas en el funcionamiento de las células y en el caso del SARS-CoV-2 son las responsables de su capacidad de infectar a los humanos y de su propagación. Una de ellas es la llamada “proteína espiga”, esta es la que forma la característica corona que da su nombre a ese tipo de virus.
Disponibilidad para los investigadores
Esta herramienta se encuentra disponible para cualquier investigador, en línea y de forma gratuita. El investigador puede conectarse sin necesidad de utilizar ninguna aplicación específica. Así podrán ver la estructura de las proteínas del SARS-CoV-2 a nivel atómico, todo ello, gracias al análisis hecho por los creadores de dicha base de datos, a partir de información dada por ellos mismos.
Las simulaciones acumuladas, que son 252 en total, también contemplan el impacto de las mutaciones conocidas del coronavirus sobre las proteínas.
Sobre esto Selent detalló: "Lo que realmente es nuevo es que utilizamos datos dinámicos combinados con la evolución del virus para predecir su impacto en la función de las proteínas".
El investigador Toni Giorgino añadió lo siguiente: "Aparte de las simulaciones del comportamiento de las proteínas, se ha tenido en cuenta la información disponible sobre la genética del virus para calcular y predecir el impacto de las mutaciones".
Mariona Torrens-Fontanals quien es también investigadora del IMIM-Hospital del Mar, nos informa: "Ver las simulaciones permite ver y entender cómo se comporta, cómo funciona y qué partes de la estructura de la proteína son importantes y posibles dianas para nuevos tratamientos". De la misma forma, concreta que incluso facilita la posibilidad de predecir si las mutaciones del coronavirus pueden afectar a la capacidad de los anticuerpos que forman las vacunas contra la covid-19. Con ello se reconocería el virus y se activaría el sistema inmunitario.
