Según denunció el gerente de Servicios Públicos y Medio Ambiente de la Municipalidad de San Martín de Porres, Luis Alvarado, el alto nivel de contaminación de este importante río se debe a las más de cinco mil toneladas de desmonte que arrojan no solo personas inescrupulosas, sino también por empresas constructoras, las cuales se aprovechan que no existe un marco legal que las regule. El funcionario señaló que esto pone en gran riesgo la vida de los pobladores que viven en la ribera del río Chillón, pues la acumulación de basura puede ocasionar un desborde durante la época de crecida en verano y una emergencia sanitaria por los residuos orgánicos, inorgánicos e incluso, hospitalarios que se encuentran en las aguas.