Fernando Olivera fue incluido como investigado en las pesquisas que realiza el Equipo Especial Lava Jato, respecto a la concesión a favor de Odebrecht de la carretera Interoceánica Sur durante el gobierno de Alejandro Toledo, donde Olivera Vega fue socio político.
El ex ministro de Justicia acudió por primera vez a declarar al despacho del fiscal José Domingo Pérez, pues se sospecha de la presunta comisión del delito de tráfico de influencias.
Ya que fue el propio Fernando Olivera quien reconoció en una conferencia de prensa, el 13 de agosto de 2005, que intervino directamente en el levantamiento de las observaciones que había hecho la Contraloría al contrato.
Toledo habría pedido a Olivera que se encargue personalmente de la gestión, por lo que regresó de España donde era embajador, para tratar el tema. Ya en Lima se reunión con el contralor de ese momento, Genaro Matute, para conversar sobre las observaciones. Así, Olivera supo que habían hallado una sobrevaloración de 100% en el precio de la obra.
Tras lograr la adjudicación, Odebrecht le habría pagado US$31 millones en coimas a Alejandro Toledo, dinero que habría sido depositado en las cuentas de su amigo Josef Maiman, actual postulante a colaborador eficaz, quien luego trasfirió a cuentas del expresidente, una de ellas Ecoteva.
Tras declarar, Fernado Olivera sostuvo que la pesquisa de la fiscalía se basa en hechos falsos y que tomará las medidas legales correspondientes.
