El actual alcalde de San Borja fue absuelto en el caso de desaparición forzada de Luis Manrique Escobar en 1989 por la Sala Penal Nacional. Ese año el burgomaestre y ex general del Ejército Peruano, estuvo destacado en la Jefatura Político-Militar de Huancavelica.
El veredicto dice que Marco Álvarez Vargas no es responsable de los hechos porque no fue nombrado oficialmente en el puesto, sino que reemplazó al coronel Carlos Alzamora García, quien por motivos de salud no estuvo durante las elecciones municipales de ese año. La resolución señala que Álvarez Vargas ocupó el cargo horas después de la desaparición de Manrique Escobar.
Luis Manrique Escobar fue un trabajador de la Corporación de Desarrollo de Huancavelica-CORDE y fue acusado por los militares de la zona de haber impreso volantes con propaganda terrorista unos días antes de las elecciones. Al amanecer del 6 de noviembre de 1989 Manrique fue secuestrado.
El Ministerio Público, a través del fiscal Luis Landa Burgos, presentó el recurso de nulidad pues consideran que Álvarez tiene implicancia en ese hecho. La Tercera Fiscalía Penal Superior había pedido 25 años para el alcalde de San Borja por la desaparición de Luis Manrique.
