Es sindicado por el Equipo Especial contra la corrupción en el poder como el lugarteniente de la presunta organización criminal que lideraría el presidente de la República, Pedro Castillo.
Pese a los constantes cambios ministeriales, Geiner Alvarado López, siempre se mantuvo firme en los gabinetes que integró. Su nombre siempre se mantuvo en la cartera de Vivienda, es más cuando tuvo que dejar dicho sector, fue para ocupar el máximo cargo en el Ministerio de Transportes y Comunicaciones (MTC).
El Equipo Especial de la Fiscalía encontró evidencias irrefutables, ya que Alvarado López habría direccionado las obras a favor de las empresas de Hugo Espino Lucana, gracias a un decreto de urgencia que firmó cuando dirigía Vivienda, Construcción y Saneamiento.
El ministro de Vivienda además, habría recibido en su despacho al alcalde de Anguía, José Medina, también sindicado por el Ministerio Público como otro lugarteniente de la presunta organización criminal, visitas que habrían sido corroboradas gracias al testimonio de un colaborador eficaz.
La defensa legal de Geiner Alvarado insiste que él no es investigado por el Ministerio Público sino es un testigo más del caso. En tanto el ministro a través de sus redes sociales rechazó tajantemente las imputaciones que recaen sobre él.
Solo depende de la fiscal de la Nación, Patricia Benavides, aceptar la tesis formulada por el Equipo Especial contra la corrupción del poder, donde Geiner Alvarado es sindicado como lugarteniente de una presunta organizción criminal, de hacerlo, el presidente de la República, podría afrontar su sexta investigación durante el ejercicio de su mandato.
