Los días 18 y 19 de junio de 1896 se vivieron uno de los episodios mas violentos de la época del terrorismo en el Perú. Presos del penal San Juan Bautista ubicado en la isla del Frontón se amotinaron tomando como rehenes al personal del centro penitenciario y a efectivo de la guardia republicana.
Las Fuerzas Armadas tuvo que intervenir y como consecuencia 300 personas fallecieron los cuales 170 eran internos.
33 años después, el Gobierno evalúa reabrir sus instalaciones con el objetivo de encarcelar a los delincuentes que son capturados una y otra vez por la Policía Nacional del Perú. Además, el ministro del Interior, Gastón Rodriguez, se muestra a favor de esta reapertura.
Asimismo, el penal San Jorge, también se encuentra en evaluación para albergar a criminales en instancia de prisión preventiva.