Gran controversia ha generado la prédica del pastor Santana y la de su hijo en la iglesia “El Aposento Alto”. Estas ideas son rechazadas por la mayoría de líderes de iglesias evangélicas peruanas.
Uno de ellos es el pastor y actual candidato a la alcaldía de Lima, Humberto Lay, quien cuestionó el discurso de Alberto Santana, así como el manejo de los fondos que recibe la iglesia.
Seguidores de distintas iglesias cristianas aseguraron que el criticado pastor Alberto Santana no los representa, asimismo, lo acusaron de interpretar los versos bíblicos para su conveniencia.